在反滲透純水設備的使用中要經常對其進行保養，才能使得反滲透設備的產水水質以及壽命。以下是反滲透純水設備日常運行的幾點要素。

1.當反滲透裝置入口和出口的壓差超過標準時，說明膜面已受污染或者是給水流量在設計值以上。如經常流量調整尚不能解決壓差問題，則應對膜面進行清洗。

2.過量的給水流量將使膜組件提前劣化，因此給水流量不能超過設計標準值。此外濃水的流量應盡量避免減少于設計標準值，在濃水流量過小的條件下運轉，會使反滲透裝置的壓力容器內發生不均勻的流動及由于過分濃縮而在膜組件上析出污垢。

3.反滲透純水設備的高壓泵即使有短的時間中斷運轉都可能使裝置發生故障。

4.反滲透裝置停止時應用低壓給水置換反滲透裝置內的水。這是為了減少在停運時二氧化硅的析出。